Nach einer atemberaubenden Fußball WM in Deutschland schien die Fußballbegeisterung auch auf die Spieler des FC Wacker übergesprungen zu sein. Die Mannschaft wurde mit dem Vorhaben einen gesicherten Mittelfeldplatz zu erreichen mit zwei Tschechen verstärkt. Während Frantisek Straka auf Stani Tschertschessow auf der Trainerbank nachfolgte, sollte Jiri Masek für die nötigen Tore sorgen. Mit einem Traumstart (Siege gegen Sturm Graz, Ried und Altach) war es nicht verwunderlich, dass sich die Mannschaft von Straka auf Tabellenplatz eins wiederfand. Immerhin sollte das keiner anderen Mannschaft außer Red Bull Salzburg in dieser Saison gelingen.
Eine Fortsetzung dieser Serie wäre wohl außerirdisch gewesen, doch trotzdem konnte die Mannschaft den Anforderungen des Tiroler Fußballpublikums gerecht werden. So dauerte es bis zur siebten Runde, bis dem FC Wacker die erste Niederlage der Hinrunde von Salzburg zugefügt wurde. Nach einem Sieg über den SV Mattersburg, zwei innerhalb einer Woche sehr hart erkämpfen Unentschieden gegen den SK Rapid folgte ein Last Minute Sieg gegen den SK Sturm durch einen sehenswerten Kopfballtreffer von „Shola“ Aganun in der 86., sowie einem Kontertor von Marcel Schreter in der 89. Minute.
Der Herbst mit 2:1 Sieg über Salzburg als Höhepunkt
Am 12. November feierte der FC Wacker einen 2:1 Sieg gegen die Millionentruppe Red Bull Salzburg. Ein platzierter Drehschuss von U 20 Teamspieler Martin Dollinger brachte Wacker in Minute 19 in Front, ehe der spätere Torschützenkönig Alexander Zickler nach 59. Minuten ausglich. Die knapp 9200 Zuschauer sahen eine tolle Leistung der Straka- Elf, die durch das Siegestor von Bernd Windisch in der 69. Minute gekrönt wurde. Der Sieg über den Tabellenführer war somit perfekt, die Belohnung war der 2. Tabellenplatz. Es folgten jeweils zwei Unentschieden und Niederlagen bis sich der FC Wacker Tirol in die wohlverdiente Winterpause verabschiedete. Sogar von einem Uefa Cup Platz durfte angesichts der aussichtsreichen Tabellenposition gemunkelt werden.
Die Legende kehrt zurück
Mit großer Mehrheit segnete die Generalversammlung am 23.02.2007 die Umbenennung zu „FC Wacker Innsbruck“ ab, welche am 1. Juli 2007 durchgeführt wurde. Eine adaptierte Fassung des Gründungswappens ersetzte das FC Wacker Tirol Wappen. Ganz so glatt wie die Namensumbenennung verlief die Frühjahrssaison leider nicht. Vor nur 5000 Zuschauern erwischten die Innsbrucker mit einem 2:2 gegen Austria Wien, einen noch recht passablen Start ins Frühjahr. Fortan ging es aber steil bergab. Nur zwei Punkte aus acht Partien und insgesamt zwölf sieglose Spiele en suite veranlassten den Verein zur Trennung von Frantisek Straka. Die Negativserie fand erst nach drei weiteren sieglosen Spielen ein Ende, da der ohnehin bereits abgestiegene GAK mit 5:1 besiegt werden konnte. Mittelfeldregisseur Vaclav Kolousek schoss sich mit gleich drei Treffern den Frust von der Seele.
Bitterer Saisonausklang
Die Freude über den Kantersieg gegen den GAK währte nur kurz, denn der FC Wacker musste erneut Niederlagen gegen Pasching und Salzburg einstecken. Doch es kam noch schlimmer. Im letzen Saisonspiel mussten die Schwarz- Grünen zu den Grün- Weißen ins Burgenland. Aufgrund zahlreicher Verletzungen wurde das Team durch Nachwuchsspieler komplettiert, der bereits mehrmals genannte Stürmer Masek in der Abwehr eingesetzt. Kühbauer und Co. zerlegen den FC Wacker Tirol nach Strich und Faden- die Mannschaft musste mit einer bitteren 1:6 Niederlage im Pappelstadion die Heimreise antreten.
Somit endete eine Saison, in der der FC Wacker in den Höhen der Tabelle zu Beginn mit segelte, fast mit einem Mast- und Schotbruch.
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