Der erste Anlauf zum Wiederaufstieg scheiterte, aber beim zweiten 1980/81 gelang er. Die folgenden Jahre waren geprägt von wechselhaften Leistungen, Wacker Innsbruck spielte zwar immer um die Plätze um die Europacupteilnahme mit, der Abstand zu den beiden Wiener Spitzenklubs war jedoch enorm.
Zunehmend finanzielle Probleme, der Profibetrieb wurde in Frage gestellt.
Bis in der Saison 1985/86 die Firma Swarovski verstärkt in das Sponsoring einstieg. Hansi Müller wurde verpflichtet und löste einen Zuschauerboom aus. Dies bestärkte Swarovski in seinem Engagement und so wurde der FC Swarovski Tirol mit den neuen Klubfarben „blau-weiss“ gegründet. Für den FC Wacker Innsbruck blieb nur der Neubeginn in der 2.Klasse Mitte.
Gleich in der ersten Saison sorgte der FCS für Furore im Europacup. Sredec Sofia, Standard Lüttich, Spartak Moskau und der AC Torino wurden in teils begeisterten Spielen aus dem Bewerb geworfen. Erst im Halbfinale war beim IFK Göteborg Endstation.
Als neuer Trainer konnte Ernst Happel gewonnen werden. Nach einem Jahr Umbau der Mannschaft wurde man Österreichischer Meister (1989, 1990) und Pokalsieger (1989).
