Als bestplatzierter Tiroler Verein in der Regionalliga West holte man 1961, 1962 und 1964 weitere Titel. Der Höhepunkt war die Saison 1963/64 in der Regionalliga West, mit einem „Start-Ziel-Sieg“ wurde man ungeschlagen Meister und stieg als erster Tiroler Verein in die damalige Staatsliga auf.
Ab nun ging es regelmäßig gegen österreichische Spitzenmannschaften wie Austria, Rapid und Admira etc…
Nach zwei Mittelfeldplätzen spielte man in der Saison 1966/67 erstmals um den österreichischen Meister mit, punktegleich mit Rapid wurde man Zweiter, dies gelang auch in der Saison 1967/68, diesmal aber mit sieben Punkten Rückstand.
In der Saison 1969/70 gelang den Innsbruckern der bisherige Höhepunkt in der Vereinsgeschichte. In der Südstadt wurde der LASK im Cupfinale mit 1:0 besiegt. Der FC Wacker Innsbruck wurde erstmals „Österreichischer Cupsieger“.
