Nach den Querelen, die zur Auflösung des FC Sturm führten ging es für die Mannen des FC Wacker Innsbruck in der B-Klasse weiter. In der Herbstmeisterschaft 1924/25 dominierte Absteiger FC Veldidena klar und konnte alle Spiele gewinnen. Der FC Wacker Innsbruck wurde hinter dem SV Hötting nur Dritter und konnte lediglich sein Spiel gegen den Vierten und Letzten der Tabelle dem FC Olympia gewinnen.
Von der österreichischen Regierung wurde der Inflation der frühen Zwanziger Jahre mit der Einführung des „Schilling“ entgegengetreten. Der Wochenversammlung vom 18. März 1925 des FC Wacker Innsbruck im Vereinsheim „Bierwastl“ ist der Kassastand zu entnehmen: „5 Schilling“.
Im April 1925 reiste der FC Wacker Innsbruck nach Deutschland und verlor in Passau nach einem 2:2 im ersten Spiel, das zweite mit 0:6. In Ingolstadt gab es eine 1:2-Niederlage. Das Rückspiel gegen die Passauer zu Pfingsten in Innsbruck konnten die Schwarz-Grünen jedoch mit 2:1 gewinnen.
In der Frühjahrsmeisterschaft 1925 wird der FC Wacker Innsbruck nur Dritter. Wie schon im Herbst konnte lediglich der FC Olympia bezwungen werden. Dies aber souverän mit 8:1. Die Spiele gegen Veldidena und Hötting gehen knapp verloren. Im Verlauf des Frühjahrs hat sich Karl Habtmann abgemeldet. Er möchte zum Sportverein wechseln, der FC Wacker verweigert aber die Freigabe. Auch Oberhöller erklärt seinen Austritt vom FC Wacker welcher vom Verein ebenfalls nicht zur Kenntnis genommen wird.
In der Jahreshauptversammlung am 9. Juli 1925 wurde Siegfried Ortler zum 1. Vorstand gewählt. Bill Gottfried wurde 2. Vorstand.
Im zweiten Anlauf erfolgreich
Die Herbstmeisterschaft 1925 beendete Wacker Innsbruck an erster Stelle. Einem 3:0 gegen Olympia folgte ein 6:1 gegen Vorwärts. Das Schlagerspiel gegen Hötting konnten die Schwarz-Grünen mit 5:4 für sich entscheiden. Kurios: Das Spiel gegen Vorwärts musste wegen Protestes wiederholt werden und endete abermals mit einem 6:1 für Wacker Innsbruck.
In der Jahreshauptversammlung vom 26. Jänner 1926 wurde der 1. Vorstand Siegfried Ortler bestätigt, ebenso der 2. Vorstand Gottfried Bill.
Der B-Klasse Tabellenführer Wacker Innsbruck erreichte in den Testspielen des Frühjahrs beachtenswerte Resultate gegen A-Klasse Mannschaften. Gegen den Sportverein Innsbruck gab es eine knappe 2:3-Niederlage, FC Veldidena wurde mit 1:0 besiegt. Gegen den Salzburger AK siegte der FC Wacker mit 5:2.
Am 11. Mai 1926 kommt es zu einer außerordentlichen Jahreshauptversammlung. Es werden Siegfried Ortler zum 1. Vorstand und Georg Linser zum 2. Vorstand gewählt. Kassier wird Hugo Linser, Schriftführer Gottfried Bill.
In der Frühjahrsmeisterschaft 1926 siegte Wacker gegen Vorwärts mit 3:0 und gegen Hötting mit 4:0. Das Spiel gegen Olympia wurde mit 3:0 gewertet. Olympia hatte sich schon vor Beginn der Frühjahrsmeisterschaft dazu entschlossen für das nächste Jahr keine Mannschaft zu nennen. Wacker Innsbruck holte sich somit ohne Punkteverlust den Meistertitel der B-Klasse und kehrte damit wieder in die A-Klasse zurück.