Wacker Innsbruck stieg in die A-Klasse auf, diese war in der Saison 1937/38 aber wieder nur die zweithöchste Tiroler Leistungsstufe da der Verband darüber eine neue Klasse, genannt „Liga“ installierte. Bei nur vier Vereinen wurde – um auf eine entsprechende Anzahl an Spielen zu kommen – bereits im Herbst Hin- und Rückspiele absolviert.
Wacker startete mit einem 1:1 gegen Veldidena und einer 2:3 Niederlage gegen Bundesbahn in die Meisterschaft. Dann folgten Siege gegen den Sportverein, Bundesbahn und Veldidena ehe der Kampf um die Herbstmeisterschaft mit einem 1:2 gegen den SVI verloren ging. In der Tabelle führte zur Halbzeit der SVI mit 8 Punkten aufgrund der besseren Tordifferenz vor den Bundesbahnern. Einen Punkte zurück lag der FC Wacker auf dem dritten Platz.
Aus der Bundesbahn wurde die Reichsbahn…
In der Frühjahrsmeisterschaft 1938 siegte Wacker Innsbruck gegen die Bundesbahner, die sich aufgrund der politischen Geschehnisse in Reichsbahn SV umbenannt hatten, mit 4:1 und da der SVI überraschend klar gegen Veldidena mit 0:7 verlor übernahm Wacker Innsbruck die Tabellenspitze.
Die Tabellenführung der A-Klasse konnte bis zum Ende der Meisterschaft verteidigt werden. Es gab nur mehr eine Niederlage gegen die Reichsbahner, aber je zwei Siege gegen den Sportverein und Veldidena reichten für den Meistertitel.
Das „Fachamt für Fußball“ verfügte nach Ende der Meisterschaft, dass für Innsbruck vier Vereine genug seien. Es verblieben neben den derzeit erfolgreichsten Vereinen Innsbrucker Sportklub und Innsbrucker Athletikklub, die beiden ältesten Vereine, der Sportverein Innsbruck und der FC Wacker Innsbruck. Veldidena, Wilten & Co wurden aufgelöst.
Während der ISK und der IAC in der Herbstmeisterschaft 1938 der Bezirksklasse Bayern Süd zugeordnet wurden, spielten der Sportverein und der FC Wacker, sowie die Reserven von ISK und IAC in der Tiroler Kreisklasse.
Wieder bringt ein Weltkrieg den Spielbetrieb zum Erliegen
Die Herbstmeisterschaft 1938 konnte noch in halbwegs normalen Bahnen abgewickelt werden, im Frühjahr 1939 wurde sie jedoch nicht mehr fertig gespielt. In der Herbsttabelle belegte der FC Wacker Innsbruck den vierten Tabellenplatz von sechs teilnehmenden Vereinen.
Anfang Juli 1939 feierte der FC Wacker Innsbruck sein 25-jähriges Vereinsjubiläum bei dem zahlreiche verdiente Mitglieder geehrt wurden.
In den Kriegsjahren wurde versucht einen Meisterschaftsbetrieb aufrecht zu erhalten, es konnten jedoch nur wenige Spiele durchgeführt werden und die Meisterschaften wurden durchwegs nicht abgeschlossen. Mit Fortdauer des Zweiten Weltkriegs war es vielen Mannschaften nicht mehr möglich überhaupt Spieler zu stellen, zumeist musste schon die Jugend aufgeboten werden. Der FC Wacker Innsbruck beteiligte sich bis 1943 an diesen „Rumpf“-Meisterschaften. Bis Kriegsende wurden keine Spiele mehr durchgeführt.
