Da die Meisterschaft 1927/28 erst Ende August geendet hatte, der ÖFB aber Rückkehr zum einem Herbst/Frühjahrs-Rhythmus drängte, startete die Meisterschaft 1928/29 erst im Oktober. Wacker Innsbruck holte sich gegen den Sportverein und den IAC mit jeweils 1:5 eine satte Schlappe. Auch das Spiel gegen die Veldidena ging mit 4:7 verloren. Erst zum Abschluss gab es gegen Hötting einen 5:2-Sieg.
Am 28. Oktober 1928 fand eine außerordentliche Hauptversammlung statt in der Bill Gottfried wieder zum 1.Vorstand gewählt wurde.
Bei der Generalversammlung am 17. März 1929 wurden als 1. Vorstand Bill Gottfried und als 2. Vorstand Kretschmer Hans gewählt.
In der Frühjahrmeisterschaft 1929 begann Wacker Innsbruck mit einem 1:0 gegen Hötting und lag gegen den Sportverein mit demselben Ergebnis in Rückstand, als das Spiel wegen Regens und aufkommender Dunkelheit abgebrochen werden musste. Die Veldidena wurde nach aufopfernden Kampf mit 3:1 besiegt.
Im Wiederholungsspiel gegen den Sportverein gab es einen überraschend hohen 6:0-Erfolg. Und dann wurde auch noch der bereits feststehende Meister IAC mit 6:4 geschlagen. Wacker Innsbruck konnte sich noch auf den 3.Platz vorarbeiten, punktegleich hinter Veldidena und auch nur zwei Punkte hinter dem IAC.
Auch das Spieljahr 1929/30 war „durchwachsen“
In der Landescup-Vorrunde 1929 siegte der FC Wacker Innsbruck gegen den B-Klasse-Verein SV Hötting mit 4:2. In der nächsten Runde scheiterte man am IAC, der sich mit einem 6:1 im Finale gegen den Sportverein auch den Pokal holte.
In der Herbstmeisterschaft 1929/30 wurde das Spiel gegen die Veldidena beim Stand von 1:0 für Wacker abgebrochen, da es zu Zuschauerkrawallen kam. Im zweiten Spiel siegte Wacker gegen den Sportverein mit 3:1. In der Neuauflage des Spieles Wacker-Veldidena mussten die Schwarz-Grünen diesmal eine 0:2-Niederlage hinnehmen.
Zum Abschluss der Herbstrunde verlor Wacker Innsbruck auch noch gegen den Innsbrucker AC. In der Tabelle führte der FC Veldidena (6) vor dem IAC (4) und Wacker mit 2 Punkten. Rekordmeister Sportverein lag ohne Punkte am Tabellenende.
Bei der Generalversammlung am 16. Jänner 1930 wurde der 1. Vorstand Bill Gottfried bestätigt. 2. Vorstand wurde Mayer Peter. Als Kassiere wurden Krätschmer Ernst und Schwab Fritz gewählt. Schriftführer wurde abermals Hugo Linser.
Im Frühjahr 1930 setzte es gegen den IAC eine 0:4-Niederlage, anschließend remisierte Wacker gegen den Sportverein 2:2. Zum Abschluss gab es noch eine 1:3-Niederlage gegen Veldidena.
Der dritte Platz mit großem Rückstand auf die Spitzenvereine war eine herbe Enttäuschung.
