Im Jahr 2000 erfolgte der Umzug ins neue Tivoli und der Meistertitel konnte erfolgreich vereidigt werden. Mit dem dritten Meistertitel in Folge kam aber dann nach finanziellen Problemen das aus für den FC Tirol.
Tirol ohne Spitzenklub, das wollte man doch nicht und so wurde die SPG Wattens Wacker Tirol gegründet. Schon beim ersten Meisterschaftsspiel in der Regionalliga West gegen den FC Kundl, pilgerten fast 6000 Zuseher ins Tivoli um den Neubeginn mit alten Namen zu beobachten. Das Relegationsspiel gegen Schwechat sahen nicht weniger als 14000 Zuseher. Eigenständig als FC Wacker Tirol wurde ein Jahr darauf der Durchmarsch in die Bundesliga perfekt. 2007 folgte dann die Umbenennung in Wacker Innsbruck. Zurück zu den Wurzeln des Vereines. 2008 dann der sportliche Abstieg in Österreichs Zweitklassigkeit
